Sumber air untuk budidaya cupang dapat berasal dari air tanah, air sungai, atau air PAM. Masing-masing sumber air tersebut memerlukan perlakuan yang berbeda sebelum digunakan.

Air tanah atau air sumur harus diendapkan lebih dahulu minimal 12 jam agar kandungan oksigen terlarutnya memadai. Gas-gas seperti H2S (belerang), karbon dioksida (CO2), mineral dan koloid akan menguap melalui pengendapan ini. Pengendapan air akan meningkatkan pH yang belum optimal.

Air sungai perlu disaring dengan pasir, ijuk, dan zeolit lalu ditampung dalam bak khusus dan diendapkan satu malam sebelum digunakan, sedangkan air PAM harus diendapkan selama satu malam dan diaerasi minimal 24 jam karena air PAM sering mengandung klorin. Untuk menurunkan kandungan klorin, anda dapat menggunakan antiklorin seperti kaliumtiosulfat atau potasiumtioposfat (K2S2O3) dengan dosis satu kristal setiap 30 liter air atau sekitar 3 ppm.